東沙環礁其底部係座落於南海北部大陸斜坡水深約300~400公尺的東沙台階上，環礁東南外緣以2度15分之陡坡降至中央海盆。整體而言，本計畫區內的地形十分完備，包含有礁台、潟湖、沙洲、淺灘、水道及島嶼等特殊自然地形，是屬於一標準之環礁地形。

　　東沙環礁為一直徑約25公里的圓形環礁(參閱圖1)，主要係由造礁珊瑚所建造而形成。環礁周圍的礁台在低潮時大部分會露出或接近水面，礁台長約46公里，寬約2公里，環礁上分別有東角、東北角、東南灣、西北尖角及西南尖角等較明顯突出之礁台地形(參閱圖2)。環礁內部為一水深僅16公尺以淺的水域區，內有許多珊瑚丘、小沙洲及淺灘暗礁等分布；而在外環礁部分，水深25公尺以淺是珊瑚主要分布的礁斜坡，寬約數百至千餘公尺，坡度通常很平緩，表面有礁脊和槽溝交錯分布，且槽溝大致呈輻射狀分布，至於水深25公尺以深則為陡坡或斷崖，幾乎呈垂直下降至深海(參閱圖3)。另在環礁的西北尖角至西南尖角處有一天然缺口，而東沙島恰位於此缺口中間，即形成所謂的南、北水道，此兩水道是進入內環礁水域的主要通道。

東沙環礁衛星圖	東沙環礁示意圖